Die Stiftung Helsenberg ist mit allen Bereichen nach ISO 9001:2008 und BSV-IV 2000 zertifiziert. Die Zertifizierung wird jährlich durch die Firma SQS in Zollikofen überprüft.
Das Qualitätsmanagement wird in sämtlichen Prozessen angewendet. Die Stiftung führt zusätzlich periodische Leistungs- und Prozessbewertungen sowie Audits durch, welche der ständigen Verbesserung der Qualität aller Dienstleistungen dienen.